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Les pharmacies relèvent du régime du réel normal en matière de BIC et de TVA. A ce titre elles doivent déposer mensuellement des déclarations de TVA. Cette dernière est l’un des points sensibles dans la fiscalité des officines. On dénombre pas moins de 3 taux à savoir 20% (parapharmacie, cosmétologie, médicaments usage vétérinaire), 10% (médicaments non remboursables) et 2.1% (médicaments remboursables). A noter, la TVA est exigible dès la facturation même si le paiement intervient plis tard à travers du tiers payant.

La profession est régie par la convention collective nationale Pharmacie d’officine. Elle prévoit certaines particularités telles que le droit à des congés supplémentaires pour les cadres à raison de 2 jours après 6 ans d’ancienneté, une prime de travail en sous-sol de 10% du salaire minimum pour les salariés travaillant plus de 50% du temps en sous-sol, une prime d’équipement après 12 mois d’ancienneté sauf si l’employeur paie l’équipement à ses salariés, des majorations horaires pour le travail de nuit ou le dimanche.

Certains pharmaciens se regroupent afin d’optimiser leurs conditions d’achats et ainsi améliorer leur marge commerciale  La marge commerciale des pharmaciens réglementée et fixée par arrêté ministériel depuis 2004. Elle consiste en un forfait de 0.53 € par boite auquel s’ajoute une marge complémentaire évolutive en fonction du prix de la boite et une éventuelle rémunération supplémentaire sur les marges arrières (plafonnée à 2.5% du prix de vente HT pour les princeps et à 17% du prix de vente HT pour les génériques)